La détection précoce des germes est un enjeu primordial pour les laboratoires de diagnostic vétérinaire. La spectrométrie de masse MALDITOF, permettant l’identification des micro-organismes par obtention d’empreintes moléculaires uniques, sera développée pour caractériser les espèces bactériennes responsables de pathologies dans les fermes aquacoles.
Objectifs
Développer la technique MALDI-TOF pour diagnostiquer les pathologies bactériennes en aquaculture. Perspectives de valorisation
Un système de typage des bactéries pathogènes des poissons sera
transféré à l’industrie afin d’aider les vétérinaires et les aquaculteurs à:
- identifier et caractériser les agents pathogènes,
- obtenir des informations épidémiologiques directement utilisables
dans le cadre de la prophylaxie, - optimiser les traitements médicamenteux dans les élevages.
Ce projet bénéficie de l’implication des sociétés Labofarm, Bio Chêne Vert et Vet’Eau.
Résultats marquants
Une base de données de référence fondée sur la spectrométrie de masse MALDI-TOF a été élaborée pour l’ensemble des espèces du genre Tenacibaculum. Elle offre une identification des isolats bactériens avec une précision de 100 % au niveau de l’espèce. Par ailleurs, pour affiner le typage des souches au sein d’une même espèce, environ 200 isolats de Tenacibaculum maritimum ont été analysés et répartis en 20 types distincts. Cette classification constitue un outil précieux pour la surveillance et le suivi efficaces des épidémies.
Réseau eBurst, représentation visuelle des liens entre les types MALDI et l’arbre hiérarchique basé sur le profil isomorphe des types MALDI.
A. eBurst définit des clusters lorsque les isolats partagent 8 des 9 biomarqueurs polymorphes. Ces clusters peuvent être considérés comme des groupes MALDI. Chacun d’entre eux contient un MT central, qui représente le MT « fondateur » du groupe correspondant.
B. L’arbre de classification, basé sur le regroupement hiérarchique par lien moyen (méthode du lien moyen), offre une autre vue des liens existant entre les types MALDI et les groupes MALDI. La distance utilisée pour cet arbre correspond au nombre de différences entre chaque profil MALDI
Porteurs de projet
Partenaires
Informations liées au projet
Axe
Espèces
Publications & Communications
Genetic diversity and population structure of Tenacibaculum maritimum, a serious bacterial pathogen of marine fish: from genome comparisons to high throughput MALDI-TOF typing. Bridel S, Bourgeon F, Marie A, Saulnier D, Pasek S, Nicolas P, Bernardet JF, Duchaud E. Vet Res. 2020 May 7;51(1):60. doi: 10.1186/s13567-020-00782-0. PMID: 32381115
« Application du MALDI-TOF et des outils bioinformatiques à l’identification rapide, précise et bon marché des souches de Tenacibaculum dans les élevages marins. », S. Bridel, J.F. Bernardet, P.Y. Moalic, F. Bourgeon, S. Pasek & E. Duchaud. Meeting of the French branch of the European Association of Fish Pathologists (EAFP), Aqua 2018, Montpellier, (28 août 2018). Com. orale.
« Use of MALDI-TOF and bioinformatics pipelines as new tools for the fast, accurate and cost-effective identification of Tenacibaculum strains in fish farms ». S. Bridel, J-F. Bernardet, P-Y. Moalic, F. Bourgeon, S. Pasek and E. Duchaud – 1st international conference on Marine flavobacteria, Cargèse (4-8 juin 2018). Com. orale.
« Les flavobactéries marines : maladies des poissons et applications industrielles des biotechnologies bleues ». E. Duchaud et G. Michel – 1st international conference on Marine flavobacteria, Cargèse (4-8 juin 2018). Conférence / débat grand public.
« Marine flavobacteria of the genus Tenacibaculum: a global threat to marine aquaculture », E. Duchaud – Centre IFREMER de Polynésie Française (18 janvier 2019). Com. orale.
« Nouveaux outils de diagnostic des pathologies bactériennes en aquaculture – Projet FishPathoMaldi », E. Duchaud – Journées du SFAM, Montpelier (21 mars 2019). Com. orale.
« Caractérisation d’agents pathogènes par spectrométrie de masse MALDI-TOF : application aux bactéries du genre Tenacibaculum », S. Bridel, F. Bourgeon, A. Marie, P-Y. Moalic, Jean-François Bernardet, S. Pasek et E. Duchaud – Journées Recherche Française Piscicole (JRFP), Paris (2 et 3 juillet 2019). Com. orale.
« Caractérisation d’agents infectieux par spectrométrie de masse MALDI-TOF : application à l’espèce pathogène des poissons marins Tenacibaculum maritimum », S. Bridel, F. Bourgeon, A. Marie, D. Saulnier, S. Pasek, P. Nicolas, J-F. Bernardet and E. Duchaud – 15e congrès national de la Société Française de Microbiologie (30 septembre au 2 octobre 2019). Poster SP4-P07
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